Tedavi gördüğü Fatih Üniversitesi Sema Hastanesi'nde multi organ yetmezliği sebebiyle hayatını kaybeden Mustafa Sungur'un cenaze namazı, ikindi namazını müteakip Fatih Camii'nde kılındı. Cenaze namazına Başbakan recep Tayyip Erdoğan, Avrupa Birliği Bakanı Egemen Bağış, İstanbul Valisi Hüseyin Avni Mutlu, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanı Kadir Topbaş, Fatih Belediye Başkanı Mustafa Demir, Üsküdar Belediye Başkanı Mustafa Kara, İstanbul Emniyet Müdürü Hüseyin Çapkın'ın ve Samanyolu Yayın Grubu Genel Müdürü Hidayet Karca, Cihan Haber Ajansı Genel Müdürü Abdülhamit Bilici, Zaman Gazetesi Yazanı Abdullah Aymaz, Darülaceze Genel Müdürü Nevzat Bayhan ile Bediüzzaman'ın talebelerinden Mehmet Fırıncı, Hüsnü Bayram, Abdülkadir Badıllı ve Abdullah Yeğin gibi çok sayıda isim katıldı. Cenaze namazı öncesi Sungur'un talebeleri ve sevenleri Fatih Camii avlusunu tıklım tıklım doldurdu. Yer bulamayanlar cenaze namazını caminin merdivenlerinde kıldı. Namazı Diyanet İşleri Başkanı Mehmet Görmez kıldırdı. 

"CEFA ÇEKTİLER"
Cenaze namazının ardından besmele çekerek konuşmaya başlayan Başbakan Erdoğan, "Aziz ve değerli kardeşlerim, öncelikle şu anda ebediyete uğurladığımız Mustafa Sungur ağabeyimize haklarınızı helal ettiniz. Hakkımız helal osun. Ömürleri boyunca bu gök kubbede hoş bir seda bırakma uğruna onlar büyük mücadeleler verdiler. Eza, cefa çektiler. Bu cefalar inanıyorum ki onların yanında götürdükleridir. Gösterdiğiniz bu ilgi sebebiyle Allah sizden razı olsun diyorum." dedi. 

Mehmet Görmez de "Ebediyete yolcu ettiğimiz Mustafa Sungur ağabeyimizin hayatını hayatına kattığı ülkemizin bütün insanlığa bütün İslam'a armağan ettiği, üstadı Bediüzzaman Hazretleri derki; 'Baki hakikatler fani şahsiyetler üzerinde bina edilmez. Ancak herkes bu dünyada baki hakikatlere hizmeti oranınca değer kazanacaktır.'" Şeklinde konuştu. 

Mustafa Sungur'un cenazesi daha sonra defnedilmek üzere Eyüp Mezarlığı'na götürüldü.